Pada tahun 2032, Bumi mengalami invasi tiba-tiba oleh pasukan alien. Sembilan belas tahun berlalu setelah peristiwa itu, dan dengan kekacauan yang menguasai dunia, satu-satunya cara untuk menyelamatkan dunia dari kehancuran total adalah dengan bertahan hidup dan berperang melawan mereka yang memaksa Bumi menuju kehancuran total. Black Rock Shooter (dalam game ini merupakan "senjata hidup" yang ditunjuk dengan nama BRS), dipercayakan dengan tanggung jawab untuk melindungi umat manusia, memiliki kemampuan untuk melawan penjajah sebagai senjata pamungkas. Dia muncul dari reruntuhan San Francisco, dan menyaksikan pasukan yang masih hidup yang menjadi pendukungnya selama misinya.
Lihat juga komik lainnya di genre: Action, Fantasy, Shounen.
